Факультативными или факультативно биотрофными паразитами в ботанике называются микроорганизмы, обладающие способностью при отсутствии хозяев питаться также сапрофитно (например, на отмерших или убитых ими частях растений). Такие организмы можно поэтому культивировать в чистых культурах на искусственных питательных средах. К ним относится большинство фитопатогенных грибов и все фитопатогенные бактерии.
Среди возбудителей болезней человека облигатных паразитов в ботаническом смысле нет, за исключением малярийного плазмодия, вирусов и большинства риккетсий (например, возбудителя сыпного тифа), которые могут размножаться только в тканевых культурах. Облигатными паразитами в медицине называются микроорганизмы, которые хотя и могут развиваться как сапрофиты на искусственных питательных средах, но которые не размножаются спонтанно вне тела хозяина (таковы, например, туберкулезные бациллы, спирохеты). Факультативными же паразитами в медицине называются микроорганизмы, способные размножаться как вне, так и внутри хозяина (например, бактерии группы coli).
У факультативных (в ботаническом смысле) паразитов форма питания (сапрофитная или паразитическая) зависит не только от возбудителя, но и от хозяина. Обитающие в кишечнике бактерии из группы coli являются безобидными «нахлебниками» лишь до тех пор, пока они живут только в содержимом кишок и питаются только за его счет. В том же случае, если хозяин окажется достаточно восприимчивым для того, чтобы могло произойти заражение слизистой оболочки кишок, эти бактерии становятся паразитами и вызывают соответствующие заболевания. Несмотря на это,, неспециалист все же считает паразитическую и сапрофитную форму существования паразита противоположными. Об этом говорит, к примеру, существующая в немецком языке тонкая дифференциация понятий для обозначения биологического разрушения древесины. При этом различают явление «удушения» («Ersticken, Verstocken») и собственно «гниения» (или плесневение—Vermorschen).
Выражение «удушение древесины» имеет, в свою очередь, двоякое значение. С одной стороны, оно означает разложение мертвой, разрезанной древесины, при котором вследствие прекращения доступа воздуха древесина г как представляется на первый взгляд, «задыхается» сама собой (гифы возбудителя, например Coniophora cerebella (Pers.) Schroet., не всегда можно обнаружить невооруженным глазом).
С другой стороны (и главным образом), слово «удушение» в применении к явлениям разрушения древесины означает разрушение грибом еще живой древесины, прежде всего в стволах, которые хотя и повалены, но еще живы. Ведь поваленные деревья отмирают не сразу, и если они всю зиму будут лежать неокоренными, то следующей весной у них снова наблюдается сокодвижение и распускаются листья. Отмирание же происходит лишь с наступлением высыхания. Однако жизненность поваленных деревьев сильно понижается, и поэтому зимой на них нападают специфические паразиты. Стволы бука поражаются, например, видами рода Polystictus, стволы ели и пихты—грибом Lenzites heteromorpha Fr. (возбудитель желтой гнили древесины). Эти паразиты и являются причиной «удушения».
«Гниением» неспециалист обычно называет всякое биологическое разрушение мертвой древесины десятками неспецифических грибов.